Penjaminan mutu dilakukan melalui implementasi manajemen mutu terpadu yang melekat pada struktur organisasi yang berlaku di Unusida. Pimpinan Universitas bertanggung jawab atas terbentuknya organisasi mutu dan terlaksananya penjaminan mutu. Penjaminan mutu di Unusida mencakup penjaminan mutu akademik (pendidikan, penelitian, dan pengabdian masyarakat) dan non-akademik. Oleh karena itu organisasi mutu harus disesuaikan dengan ruang lingkup tersebut. Di tingkat universitas, penjaminan mutu menjadi tanggung jawab Rektor, Senat Universitas dan pelaksanaannya dilakukan oleh Badan Penjaminan Mutu (BPM).
Penekanan fungsi tiap level organisasi mutu seperti tersebut di atas berbeda, yaitu:
| 1. Tingkat Universitas | : fungsi manajemen mutu terpadu |
| 2. Tingkat Fakultas | : fungsi penjaminan mutu |
| 3. Tingkat Program Studi | : fungsi pengendalian mutu |
BPM Universitas Nahdlatul Ulama Sidoarjo memiliki visi “Terwujudnya budaya mutu di lingkungan Universitas Nahdlatul Ulama Sidoarjo guna mendorong tercapainya visi Universitas Nahdlatul Ulama Sidoarjo”.
