Universitas Nahdlatul Ulama Sidoarjo (UNUSIDA) berkomitmen untuk meningkatkan mutu secara berkelanjutan, relevansi dan efisiensi layanan, oleh karena itu pengelolaan UNUSIDA membutuhkan Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI). Pada tahun 2015, Rektor UNUSIDA membentuk organ yang bertugas melaksanakan sistem pembinaan, pemantauan dan evaluasi implementasi Standar Nasional Pendidikan Tinggi (SN Dikti) yang dinamai Badan Penjaminan Mutu (BPM) yang dikepalai oleh Untung Usada, S.Si., M.T. Kepala BPM dan jajarannya bertugas sesuai Organisasi Tata Kerja UNUSIDA tahun 2020.
Tahun 2019 UNUSIDA menjadi salah satu peserta Perguruan Tinggi Asuh oleh Universitas PERBANAS (Universitas Hayam Wuruk Surabaya). UNUSIDA diwakili 9 orang yang terdiri dari Kepala BPM, Dekan, Kaprodi beserta pimpinan menyusun dokumen mutu (Kebijakan Mutu, Manual Mutu, Standar Mutu dan Formulir Mutu). Sembilan orang perwakilan lolos ujian sertifikat auditor internal. Sehingga tahun 2019 UNUSIDA memiliki 9 Auditor Internal.
Siklus PPEPP di bawah koordinator BPM. Kegiatan penetapan dilakukan sebelum kegiatan perkuliahan semester ganjil dimulai, kemudian dilaksanakan oleh pelaksana mutu yang terdiri dari Dekan, Kaprodi, dosen dan seluruh organ di universitas. Setelah dilaksanakan selama 2 semester (ganjil dan genap), maka dilakukan evaluasi melalui Audit Mutu Internal (AMI) dilakukan pada akhir semester genap. Kegiatan AMI dilakukan dengan melibatkan auditor internal dan pimpinan di program studi. Hasil AMI disampaikan kepada pimpinan universitas (Rektor dan Wakil Rektor) dan Dekan pada Rapat Tinjauan Manajemen (RTM) sebagai bentuk pengendalian. Pimpinan memberikan rekomendasi atas temuan-temuan sebagai rencana tindak lanjut. Rekomendasi yang diberikan pimpinan kemudian disampaikan pada Kaprodi untuk diperbaiki dengan jangka waktu yang telah ditentukan pada saat RTM. Selanjutnya Kaprodi melakukan perbaikan dari temuan dan menyampaikan pada auditor internal.
Tahun 2020 UNUSIDA melalui perwakilan 2 orang dosen kegiatan pelatihan auditor internal di Universitas NU Surabaya. Sehingga total auditor internal yang dimiliki UNUSIDA sebanyak 11 orang.
Pada awal tahun 2022, dengan mempertimbangkan kebutuhan untuk melaksanakan IKU dan IKT yang pada Rencana Strategis Universitas Tahun 2019-2024 maka dilakukan restrukturisasi organisasi di Universitas pertama sehingga Ka. BPM diamanahkan kepada Waluyo Prasetyo, S.T., M.T dan Sekretaris BPM kepada Atik Widiyanti, S.Si., M.T. Hingga Agustus 2022 BPM melakukan rekonstrukturisasi yang kedua sehingga BPM memiliki 2 unit yaitu Penjaminan Mutu Bidang Pendidikan dan Pengembangan Kurikulum dan Penjaminan Mutu Bidang Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat. Kepala BPM diamanahkan kepada Atik Widiyanti, S.Si., M.T dengan dibantu Nafiah Ilhama Q., M.M sebagai Ka. Penjaminan Mutu Bidang Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat dan Arief Saputro, M.T sebagai Ka. Penjaminan Mutu Bidang Pendidikan dan Pengembangan Kurikulum.
Selain 2 organ pada BPM, penjaminan mutu tingkat fakultas dilakukan oleh Gugus Penjaminan Mutu (GPM) dan tingkat program studi oleh Unit Penjaminan Mutu (UPM). BPM melaksanakan koordinasi dengan GPM dan UPM terkait mutu pada tingkat fakultas dan program studi.
Pada bulan Agustus-Desember 2022 UNUSIDA menjadi perguruan tinggi mitra Universitas Muhammadiyah Malang (UMM). Kegiatan dilakukan secara daring dengan melibatkan perwakilan BPP, pimpinan perguruan tinggi, BPM dan GPM selama 4 bulan mengikuti kegiatan. Hasil kegiatan berupa perubahan Rencana Strategis Universitas Tahun 2019-2024. Kegiatan tersebut juga menjadi Benchmarking Penjaminan Mutu sebagai bentuk pengendalian mutu universitas.